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Pourquoi il sera bientôt trop tard pour découvrir où le virus de la Covid-19 est vraiment apparu


Le SARS-CoV-2, virus de la Covid-19, est à l’origine de la plus grande pandémie de ces cent dernières années… Comprendre ses origines est donc crucial pour élucider ce qui s’est passé fin 2019 – et se préparer à la prochaine pandémie virale.

Les études de ce type prennent du temps, demandent de l’organisation et de la coopération. Elles doivent de surcroît être guidées par des principes scientifiques, et non par des motivations politiques ou de la posture. Or, pour diverses raisons, l’enquête en cours sur les origines du SARS-CoV-2 a déjà pris trop de temps : les premiers cas ont été déclarés à Wuhan, en Chine, en décembre 2019, soit voici plus de 20 mois.

Comme l’ont rapporté différents médias, le 24 août dernier les agences de renseignement états-uniennes ont transmis au président Joe Biden le résultat de leur recherche sur l’émergence de l’épidémie. (Un résumé de ces travaux était déclassifié et rendu public quelques jours plus tard, ndlr).

Selon un compte-rendu préliminaire publié dans le New York Times, l’enquête ne permet pas encore de déterminer si la propagation du virus a fait suite à un accident de laboratoire a procédé d’une émergence naturelle impliquant un passage de l’animal à l’être humain.

Si l’éventualité d’une fuite en laboratoire demeure une piste à explorer (à condition de parvenir à l’étayer scientifiquement), elle ne doit pas détourner l’attention de l’autre hypothèse qui, si l’on se base sur les données actuellement disponibles, devrait mobiliser l’essentiel de notre énergie… En effet, plus le temps passe, moins les experts seront en capacité de déterminer les origines biologiques du virus.

Vue aérienne du P4 du campus de virologie de Wuhan
L’hypothèse de l’accident de laboratoire reste très populaire dans les médias. Ce n’est pourtant pas la plus étayée scientifiquement (laboratoire P4 de Wuhan, ici en 2020).
Hector Retamal/AFP

Six recommandations pour la suite de l’enquête

Je fais partie des experts envoyés à Wuhan plus tôt cette année dans le cadre de l’enquête de l’OMS (Organisation mondiale de la santé) sur la question. Et nous avons constaté que les preuves indiquent en effet que la pandémie a plutôt débuté à la suite d’une transmission « zoonotique » du virus, c’est-à-dire d’un transfert d’un animal à l’homme.

Notre enquête a abouti à un rapport, publié en mars 2021, où nous donnons une série de recommandations pour la suite des travaux. Il est désormais urgent de s’atteler à concevoir des études afin de les soutenir.

Le 25 août dernier, avec d’autres participants au rapport de l’OMS, nous avons publié un article dans la revue Nature pour plaider en ce sens. Un temps crucial qui pourrait être consacré à travailler dans six domaines prioritaires est en train d’être perdu. Ces axes de recherche, selon nous, les voici :

  • Réaliser d’autres études de traçabilité basées sur les premiers rapports de la maladie,

  • Se pencher sur les anticorps spécifiques du SARS-CoV-2 dans les régions ayant connu des cas précoces de Covid-19. C’est important étant donné que plusieurs pays, dont l’Italie, la France, l’Espagne et le Royaume-Uni, ont souvent rapporté des éléments non concluants de telles détections précoces,

  • Réaliser des enquêtes de traçabilité auprès de communautés en lien avec les fermes d’élevage d’animaux sauvages qui fournissaient les marchés de Wuhan,

  • Lancer des études d’évaluation des risques ciblées sur les possibles animaux hôtes. Il peut s’agir de l’hôte primaire (comme les chauves-souris), d’hôtes secondaires ou d’amplificateurs,

  • Concevoir des analyses détaillées des facteurs de risque des cas précoces, où qu’ils se soient produits…

  • … et suivre toute nouvelle piste crédible.

Une course contre la montre est engagée

Il faut rappeler que certaines analyses ne peuvent être menées que dans un intervalle de temps donné, car elles sont liées à des processus biologiques ponctuels. Les anticorps du SARS-CoV-2 apparaissent ainsi environ une semaine après qu’une personne ait été infectée par le virus (et se soit rétablie), ou après avoir été vaccinée.

Or les anticorps décroissent au fil du temps dans le corps – des échantillons collectés seulement maintenant auprès de personnes infectées en décembre 2019, ou même avant, pourraient donc être plus difficiles à examiner avec précision.

Se baser sur les anticorps présents dans la population générale pour distinguer vaccination, infection naturelle ou infection secondaire (surtout si l’infection initiale a eu lieu en 2019) est également problématique.

De fait, après une infection naturelle, une série d’anticorps spécifiques au SARS-CoV-2 (dirigés contre la protéine Spike ou la nucléoprotéine) peuvent être détectés pendant une durée variable, à des concentrations variables et avec une capacité variable à neutraliser le virus… Et après une vaccination, plusieurs cas de figure sont possibles ; avec certains vaccins, seuls les anticorps dirigés contre la protéine Spike peuvent être détectés, et ils diminuent également avec le temps. Comment faire la part des choses ?

Pour ces travaux sur les anticorps du SARS-CoV-2, nous avons besoin d’un consensus international sur les méthodes de détection utilisées en laboratoire. Les différences entre les types de tests ont en effet donné lieu à plusieurs discussions sur la qualité des données recueillies.

Parvenir à un accord sur les techniques de laboratoire à employer dans les études sérologiques et génomiques virales, sur l’accès aux échantillons et quant à leur partage (en prenant également en compte les questions de consentement et de confidentialité) serait utile, mais cela prend… du temps. Il faut également du temps pour obtenir des financements – le temps n’est donc pas une ressource que nous pouvons encore gaspiller.

Les contraintes du terrain

En outre, à Wuhan, les données de terrain elles-mêmes ont été altérées. De nombreuses fermes d’élevage d’animaux sauvages ont fermé suite à l’épidémie initiale, généralement sans aucun contrôle. Et, avec la dispersion des animaux et des humains que cela entraîne, trouver des preuves biologiques chez les uns ou les autres de la propagation précoce du coronavirus devient de plus en plus compliqué.

Heureusement, certaines analyses peuvent quand même être menées actuellement. Il s’agit notamment de l’examen des premières études de cas, et de celles sur les donneurs de sang à Wuhan et dans d’autres villes de Chine (et partout ailleurs où il y a eu une détection précoce des génomes viraux).

Il est important d’examiner le déroulement ou les résultats de ces études tant par des experts locaux qu’internationaux, mais ce type de vérification croisée n’a pas encore été mis en place.

Des techniciens en tenues protectrices travaillent sur des échantillons dans un laboratoire de Wuhan
De nombreuses analyses peuvent encore être menées, sur la population, mais aussi sur des échantillons anciens conservés (tests dans un laboratoire de Wuhan, août 2021).
AFP

De nouveaux éléments sont apparus depuis notre rapport de mars. Ces documents et les données du rapport de l’OMS ont été examinés par des scientifiques indépendants et ils sont arrivés à des conclusions similaires à celles du rapport de l’OMS, à savoir :

  • le réservoir d’hôtes pour le SARS-CoV-2 n’a pas encore été trouvé,

  • les espèces clés (en Chine ou ailleurs) peuvent ne pas avoir été testées,

  • les preuves scientifiques quant à l’origine zoonotique de l’épidémie sont solides.

Un pas en avant, un pas sur le côté…

Si la possibilité d’un accident de laboratoire ne peut être totalement écartée, elle s’avère hautement improbable. On ne peut pas minimiser l’impact des contacts répétés et réguliers qui se produisent entre homme et animal dans le commerce local des animaux sauvages.

Cependant, l’hypothèse d’une fuite continue de susciter un grand intérêt des médias en dépit des preuves concrètes disponibles… Ces discussions, plus politiques que scientifiques, ralentissent encore la coopération et les accords nécessaires pour faire progresser les études de la phase deux du rapport de l’OMS.

L’Organisation mondiale de la santé a demandé la création d’un nouveau comité chargé de superviser les futures études sur les origines. L’initiative est louable, mais elle risque de retarder davantage la planification nécessaire des études déjà définies sur les origines du SARS-CoV-2…



Cet article est republié à partir de The Conversation sous licence Creative Commons.

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